El Instituto Mediterráneo cuenta con su preceptivo Plan de Salud Laboral y Prevención de Riesgos Laborales, aprobado por el Consejo Escolar en el curso 2011-2012. Coordina este plan desde entonces Francisco Javier Jiménez Martínez, profesor de Tecnología y master en Seguridad e Higiene.
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Dentro de este ámbito se circunscribe el Plan de Autoprotección, que previene y trata de controlar los riesgos sobre las personas y los bienes, dando respuesta a posibles situaciones de emergencia. Las instalaciones del centro son seguras, por cuanto:
- Tiene con un perímetro de seguridad vallado.
- Dispone de cámaras de videovigilancia, con grabación de imágenes tanto en el interior como en el exterior del edificio.
- Hay un mantenimiento preventivo en materia de extintores, alarma, timbre de emergencia, etc.
- Cuenta con señalización de emergencia: cartelería, lámparas de emergencia, etc.
- Posee suficientes vías de evacuación: tres puertas convencionales y otras dos de emergencia homologadas.
- Ausencia de elementos potencialmente peligrosos: gas butano, gas natural, depósitos de gasoil, talleres con maquinaria industrial, etc.
- Cada curso académico se realiza un simulacro de evacuación.